Sprint Bolis2 – Démo du 28 septembre 2018

Contexte

L’ADT Bolis2 a pour but le développement du logiciel Fs3d (ou FindSources3D) dédié à la localisation de sources via la résolution de problèmes inverses en électroencéphalographie (EEG). À partir de mesures ponctuelles du potentiel électrique, obtenues numériquement ou prises par des électrodes sur le cuir chevelu, Fs3d estime des sources de courant dipolaires ponctuelles dans le cerveau. Ce projet implique les équipes FACTAS, ATHENA d’Inria Sophia Antipolis Méditerranée ainsi que le Centre de Mathématiques Appliquées (CMA) de l’École des Mines de Paris.

L’objectif du projet Bolis2 est de renforcer les collaborations scientifiques entre les partenaires historiquement impliqués dans ce projet. En particulier, cela doit permettre de procéder à des simulations couplées MEG/EEG jusque là hors de portée. En outre, de nouvelles applications pourront être envisagées, dans le domaine des sciences planétaires notamment, pour lesquelles les algorithmes implémentés dans FS3D sont pertinents et prometteurs.

Le projet Bolis2 est mis en oeuvre par l’équipe AMDT. Le premier sprint s’est déroulé du 10 au 20 septembre 2018; il a impliqué 5 ingénieurs SED et deux ingénieurs CDD du côté de l’équipe technique, Juliette Leblond et Jean-Paul Marmorat de l’équipe Factas.

Réalisations

L’objectif principal du travail était de jouer un workflow complet dans la nouvelle application, ce workflow permettant, à partir d’enregistrements EEG ou MEG, de retrouver les sources émissions dans le cerveau sous forme de dipôles.

La contrainte principale était de conserver pour l’équipe de recherche la possibilité de continuer à faire évoluer le code matlab permettant de retrouver les sources à partir des enregistrements EEG et/ou MEG, tout en garantissant un couplage facile et maintenable dans le temps avec la plateforme FS3D écrite en C++.

Ceci a été réalisé en rajoutant des wrappers au sein du code matlab et en compilant ces wrappers pour former une bibliothèque dynamique que nous avons pu coupler à la plateforme FS3D.

Cette opération a été effectuée sur tous les OS (Linux, Mac et Windows), le packaging se faisant via Conda.

Tableau de bord SCRUM durant le sprint BOLIS2

La vidéo suivante présente la démo telle qu’elle a été diffusée auprès des membres de la Commission des Développements Technologiques, des membres du bureau du comités des projets et des membres des équipes de recherche concernées. Pour accéder aux sous-titres explicatifs, vous devez télécharger la vidéo.

Perspectives

D’ici un mois, l’équipe Factas nous fera un retour d’utilisation du logiciel. Ceci permettra de déterminer les objectifs du prochain sprint dont les dates seront fixées à la même occasion.

About Thibaud Kloczko

Graduated in CFD, Thibaud Kloczko is a software engineer at Inria. He is involved in the development of the meta platform dtk that aims at speeding up life cycle of business codes into research teams and at sharing software components between teams from different scientific fields (such as medical and biological imaging, numerical simulation, geometry, linear algebra, computational neurology).

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